Rotumääritelmä kuvaa mäyräkoiran luonnetta näin: ”Ystävällinen ja tasapainoinen, ei arka eikä aggressiivinen. Intohimoinen, kestävä ja ketterä metsästyskoira, jolla on hyvä hajuaisti.” Rotumääritelmä on tältä osin sama kaikille rotumuunnoksille. Fiksu ja arjessa vaivaton käytös ei ole lainkaan epätavallista mäyräkoirissa, mutta rodussa esiintyy myös erilaisia luonteeseen ja käyttäytymiseen liittyviä ongelmia.
Koulutus
Mäyräkoira tarvitsee peruskoulutuksen siinä missä mikä tahansa koira. Metsästyskäytössä olevalle koiralle koulutus voi olla elintärkeää, mutta pienimmillekin seurakoirana toimiville mäyräkoirille on tarpeen opettaa peruskäytöstavat sujuvan arjen avuksi. Maan alla työskentelevän koiran on tarpeen toimia itsenäisesti, järkevästi ja periksiantamattomasti, nämä piirteet näkyvätkin yleensä selvästi mäyräkoiran
käyttäytymisessä muissakin tilanteissa.
Mäyräkoira on nopeasti oppiva, mutta moniin rotuihin verrattuna hyvin matalan miellyttämishalun takia koulutus vaatii kouluttajalta määrätietoisuutta ja osaamista, jotta mäyräkoiran motivaatio ihmisen toivomaan tekemiseen löytyy. Mäyräkoira ei juuri neuvoja kysele, joten jos sen haluaa tekevän yhteistyötä tai edes jotenkin kuuntelevan itseään, on koulutus hyvä aloittaa luovutusikäisenä. Koulutuksessa kannattaa kokeilla hyödyntää palkkana mäyräkoiran persoutta ruoalle, toisille myös taisteluleikit lelulla ovat hyvä palkkio. Sosiaalinen palkka eli kehut eivät usein mäyräkoiralle riitä, mutta poikkeuksiakin on.
Luonteen huomioiminen jalostuksessa
Mäyräkoira on maan alla ja päällä tapahtuvaa metsästystä varten kehitetty metsästyskoira. Metsästyskäytössä tarvittavat luonteenpiirteet, kuten riistaviettisyys, rohkeus ja tasapainoinen avoin luonne, ovat toivottavia mäyräkoirassa riippumatta rotumuunnoksesta ja yksilön käyttötarkoituksesta. Näitä luonteenpiirteitä tulisi painottaa jalostusvalinnoissa. Ikävä kyllä mäyräkoirissa esiintyy arkuutta ja pelokkuutta, vihaisuutta toisia koiria sekä ihmisiä kohtaan sekä eroahdistusta. Riippumatta koiran käyttötarkoituksesta nämä eivät ole toivottavia luonteenpiirteitä ja käyttäytymistapoja.
Arkoja, aggressiivisia, voimakkaasta eroahdistuksesta tai yksinolofobiasta kärsiviä koiria ei saa käyttää jalostukseen. Arkielämän on jalostukseen sopivan koiran kanssa oltava helppoa. Erityistä huomiota kannattaa kiinnittää siihen, miten koira käyttäytyy uusissa tilanteissa ja ympäristöissä ja sille vieraiden ihmisten kanssa. Rodunomaiset käyttötaipumukset yhdistetään usein rotumääritelmän mukaiseen luonteeseen, mutta toimivuus metsällä tai käyttökoetulos eivät takaa arkikäytöksen ongelmattomuutta.
Pentuetta suunnitellessa on syytä arvioida jalostuskäyttöön aiotun koiran luonnetta ja käytöstä mahdollisimman puolueettomasti, kuin kyseessä olisi muu kuin oma koira. Luonteen kuvaamisen avuksi on olemassa erilaisia testejä, mutta paljon voi tehdä myös itse. Onko koira helppo antaa tarvittaessa ”toisen käsiin”? Tarvitseeko se selvitäkseen erilaisista tilanteissa paljon tukea ”omalta ihmiseltä”? Millaisen reaktion aiheuttaa rauhallisesti lähestyvä vieras ihminen? Pentua hankkiessa kannattaa perehtyä vanhempien ja suvun koirien luonteisiin, sillä varsinkin arkuus on voimakkaasti periytyvää. Vaikka emä vaikuttaa pentujen luonteeseen eniten, on myös lähisukulaisten luonteilla merkitystä.